終末後の世界。軍の最後の命令「ラストオーダー」に従い戦争を続けていた兵士の運命は!?

誰にも会わない、誰とも喋らない自粛生活に心が疲れると、こんなふうに思っていました。この世に1人取り残されたわけじゃないし、マンホールチルドレンよりずっと恵まれている、と。
ところが『ラストオーダー』に出てくる主人公はまさにこれ、戦争で誰も居なくなった地上で1人暮らすヒューマロイドと、ヒューマロイドのせいで地下に追いやられた少年の話です。

大昔、政府が推進する自律人間機械（ヒューマロイド）の産業導入に対し、失業率悪化を懸念した人間はデモを繰り返していました。その鎮静のため駆り出されたのは、民間仕様から軍事転用されたヒューマロイド・リア。
危うく暴徒に捕まるところを助けてくれたのが、人間の高校生ケンジでした。

リアには、大尉から命令（オーダー）が出されていました。「守りたいものを見つけてきなさい」と。

リアにとっては、このメイド喫茶で出会ったケンジを始めとする友達が、守りたいものだと確信します。

その後、大量破壊兵器によって壊滅状態になった人工島に他の3名の兵士と共に派遣されることになったリア。

しかし仲間は死に、軍の最後の命令・ラストオーダーから100年以上経った今も、たった1人で任務を遂行し続けるリア。

敵の半生物兵器は倒しても倒してもキリがなく、永遠に同じことが繰り返される日々。
私だったら全てを投げ出したくなるに違いありません。そして、長生きした自分をこんなふうに思うのではないかと思います。

一方、地下世界に追いやられた人間たちは、土砂に埋もれた地下街を掘り起こしてモウル村を作り、太陽とは無縁の生活を送っていました。
地上では“人間狩り”と呼ばれる機械たちがはびこっているだけでなく、“赤い目の殺人人形”がいて、地上に出て物資の調達をすることが許されているのは上陸衆（かみおかしゅう）と呼ばれる精鋭達だけ。

彼らに憧れる孤児院育ちのノーリィは、いつの日か上陸衆になることを夢見ていました。
一生、光のないこんなところに閉じ込められた貧しい暮らしより、たとえ危険があったとしても違う世界を見てみたいというノーリィの気持ちは痛いほどわかります。
しかし村には、子供だけで村外に出てはいけないという掟があるのです。

その掟を破り、食料を調達して来たノーリィ。もうすぐ7歳の誕生日を迎える妹ミクリのためでした。
ところがそれが原因で、ミクリが伝染病である“黒死病”になってしまいます。

妹を村外に置き去りにして村に残るか、妹と共に村を出ていくかと村長に問われるノーリィ。

死にゆく人間と共に、これからどうやって生きていくつもりなの？ノーリィ、と思わず言いたくなりますが、唯一の肉親であるミクリのいない世界で生き延びても、生きているとは言えないのかもしれません。

だからいくらヒューマロイドであっても、誰もいない世界で孤独に生き続けなければならないリアもやはり、生きている喜びはないだろうと思います。

“追放の刑”を受け入れたノーリィは、瀕死のミクリと共に村を出ていきます。
たまたま村に来ていた行商人の男を道連れに進む先には、もちろんたくさんの危険と試練が待ち受けていました。

極限の世界で、1人で生きていかなければならないノーリィ。
極限の世界で、1人で生き延びてきた"赤い目の殺人人形"リア。
地上と地下の別々にいた2人が、この先どう結びついていくのか、世界はどうなってしまうのか。新しい「オーダー」が届く日が来ることを願わずにはいられませんでした。